Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 PATJ-203ENST00000371158 8505 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.12□□□□□ -1.271e-6■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 PATJ-213ENST00000613764 4172 ntTSL 5 BASIC5.01□□□□□ -1.611e-6■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 PATJ-202ENST00000316485 3657 ntTSL 5 BASIC4.49□□□□□ -1.691e-6■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.355e-7■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.465e-7■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.365e-7■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 SERINC2-204ENST00000491976 2807 ntTSL 217.16■□□□□ 0.345e-7■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.035e-7■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 PTPN12-209ENST00000460731 582 ntTSL 25.44□□□□□ -1.546e-8■■■■□ 21.3
PRPF4O43172 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.032e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.912e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.661e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.513e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.515e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.393e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-204ENST00000379101 2268 ntTSL 1 (best)16.35■□□□□ 0.213e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TNFRSF19-205ENST00000464735 660 ntTSL 215.96■□□□□ 0.155e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.141e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.113e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PPP1R12C-203ENST00000586197 472 ntTSL 514.98□□□□□ -0.013e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.041e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 CNOT9-205ENST00000433439 567 ntTSL 414.78□□□□□ -0.041e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-202ENST00000338555 3475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.343e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-208ENST00000470022 645 ntTSL 311.02□□□□□ -0.653e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCNN1D-207ENST00000467651 204 ntTSL 510.74□□□□□ -0.693e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TNFRSF19-203ENST00000382263 4151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.53□□□□□ -1.25e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 ZNF384-214ENST00000542605 571 ntTSL 420.09■□□□□ 0.813e-8■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 ZNF384-208ENST00000537248 594 ntTSL 217.16■□□□□ 0.343e-8■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 ZNF384-215ENST00000544482 557 ntTSL 412.5□□□□□ -0.413e-8■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 ZNF384-212ENST00000542351 572 ntTSL 49.25□□□□□ -0.933e-8■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCART1-205ENST00000488261 4709 ntTSL 220.28■□□□□ 0.843e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCART1-204ENST00000482993 4904 ntTSL 219.97■□□□□ 0.793e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCART1-202ENST00000463137 4756 ntTSL 219.79■□□□□ 0.763e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.243e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.465e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PSMD4-211ENST00000476855 1232 ntTSL 215.54■□□□□ 0.085e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PSMD4-202ENST00000368884 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.575e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PSMD4-207ENST00000461434 801 ntTSL 210.26□□□□□ -0.775e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PSMD4-208ENST00000462970 900 ntTSL 59.14□□□□□ -0.955e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PVT1-217ENST00000523190 443 ntTSL 36.71□□□□□ -1.345e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PVT1-214ENST00000522875 922 ntTSL 5 BASIC6.49□□□□□ -1.375e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PVT1-211ENST00000521600 408 ntTSL 24.05□□□□□ -1.765e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PVT1-202ENST00000512617 383 ntTSL 33.51□□□□□ -1.855e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.28e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 KNOP1-201ENST00000219837 6432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.58e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 KNOP1-204ENST00000567367 595 ntAPPRIS ALT2 TSL 311.68□□□□□ -0.548e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TRIP10-206ENST00000596543 545 ntTSL 414.48□□□□□ -0.091e-19■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 SEPT9-243ENST00000592407 509 ntTSL 217.5■□□□□ 0.391e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.62e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.32e-10■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TUBGCP6-203ENST00000434349 830 ntTSL 515.79■□□□□ 0.122e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PPP1R37-206ENST00000544069 712 ntTSL 522.4■■□□□ 1.184e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 PPP1R37-203ENST00000496125 555 ntTSL 316.64■□□□□ 0.254e-7■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TRAF2-203ENST00000419057 709 ntTSL 313.21□□□□□ -0.291e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 TRAF2-204ENST00000429509 823 ntTSL 312.71□□□□□ -0.371e-6■■■■□ 21.2
PRPF4O43172 MYH10-202ENST00000360416 7762 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.612e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 MYH10-201ENST00000269243 7662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 MYH10-203ENST00000379980 7694 ntTSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.827e-7■■■■□ 21.1
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PRPF4O43172 PDE8A-204ENST00000478717 2722 ntTSL 1 (best)18.81■□□□□ 0.64e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 PDE8A-205ENST00000485596 2999 ntTSL 1 (best)18.04■□□□□ 0.484e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 PDE8A-210ENST00000559086 538 ntTSL 416.4■□□□□ 0.224e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 04e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 PDE8A-201ENST00000310298 3984 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.064e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 PDE8A-208ENST00000557957 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.54e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.153e-7■■■■□ 21.1
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PRPF4O43172 POLR2E-204ENST00000586746 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.232e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 BNIP3L-201ENST00000380629 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.252e-7■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 BNIP3L-203ENST00000520077 922 ntTSL 1 (best)10.85□□□□□ -0.672e-7■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.252e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.336e-23■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.156e-23■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 C22orf39-204ENST00000509549 2979 ntTSL 212.15□□□□□ -0.466e-23■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 HIRA-203ENST00000452818 453 ntTSL 510.49□□□□□ -0.736e-23■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 517.77■□□□□ 0.441e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 517.45■□□□□ 0.381e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.331e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.771e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 SMYD2-203ENST00000460580 1618 ntTSL 1 (best)18.89■□□□□ 0.621e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 SMYD2-204ENST00000471645 4732 ntTSL 1 (best)14.81□□□□□ -0.041e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 SMYD2-206ENST00000491455 3809 ntTSL 213.38□□□□□ -0.271e-6■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-209ENST00000590699 2240 ntTSL 529.16■■■□□ 2.264e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-206ENST00000588947 468 ntTSL 528.65■■■□□ 2.184e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.784e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.094e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-203ENST00000586221 2766 ntTSL 1 (best)16.73■□□□□ 0.274e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-208ENST00000590039 596 ntTSL 510.54□□□□□ -0.724e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 CARM1-207ENST00000589693 601 ntTSL 510.5□□□□□ -0.734e-8■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.362e-11■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.469e-7■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.269e-7■■■■□ 21.1
PRPF4O43172 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.079e-7■■■■□ 21.1
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