Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHHQ15465 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHHQ15465 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHHQ15465 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHHQ15465 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHHQ15465 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms