Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms