Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC3Q9BQI4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms