Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN4AP35499 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms