Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
SDC1P18827 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
SDC1P18827 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
SDC1P18827 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
SDC1P18827 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
SDC1P18827 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
SDC1P18827 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
SDC1P18827 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms