Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 RNF145-210ENST00000521266 551 ntTSL 43.25□□□□□ -1.891e-8■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.321e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 MIR222-201ENST00000384992 110 ntBASIC1.61□□□□□ -2.151e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-210ENST00000431908 914 ntTSL 515.82■□□□□ 0.127e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 ATP6V1G2-DDX39B-201ENST00000376185 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -07e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-201ENST00000376177 1529 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.17e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-214ENST00000458640 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.177e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-220ENST00000482195 1232 ntTSL 213.76□□□□□ -0.217e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-202ENST00000396172 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.317e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 DDX39B-215ENST00000462256 4027 ntTSL 212.25□□□□□ -0.457e-15■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 MIR34A-201ENST00000385130 110 ntBASIC3.69□□□□□ -1.822e-22■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 STK36-216ENST00000492486 592 ntTSL 316.55■□□□□ 0.249e-16■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 RIT1-204ENST00000462687 548 ntTSL 314.3□□□□□ -0.122e-6■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 TNRC6A-209ENST00000562829 277 ntTSL 222.47■■□□□ 1.198e-10■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 TNRC6A-211ENST00000566108 454 ntTSL 317.25■□□□□ 0.358e-10■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.587e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.157e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.517e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-209ENST00000492143 3641 ntTSL 220.45■□□□□ 0.867e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.447e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-205ENST00000476773 2572 ntTSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.467e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 EZH2-203ENST00000460911 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.78□□□□□ -0.847e-7■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 SRRM1-201ENST00000323848 4011 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.451e-8■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 SRRM1-203ENST00000447431 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.97□□□□□ -1.451e-8■■■□□ 14.8
U2AF1Q01081 SEL1L-201ENST00000336735 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.421e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.344e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.754e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.74e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-205ENST00000370371 2833 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.224e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-202ENST00000354665 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.214e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-204ENST00000370368 2704 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.194e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 DIDO1-206ENST00000395340 7551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.474e-15■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PSME4-208ENST00000481518 886 ntTSL 530.85■■■□□ 2.537e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.567e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 FAM13B-203ENST00000425075 3098 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.476e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-208ENST00000547528 1935 ntTSL 1 (best)17.9■□□□□ 0.467e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.356e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-212ENST00000550322 582 ntTSL 416.3■□□□□ 0.27e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-206ENST00000546815 2318 ntTSL 515.35■□□□□ 0.057e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-214ENST00000551416 559 ntTSL 315.16■□□□□ 0.027e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 IST1-222ENST00000545388 630 ntTSL 214.85□□□□□ -0.036e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-202ENST00000431469 2834 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.057e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 FAM13B-202ENST00000420893 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.086e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 IST1-214ENST00000538709 491 ntTSL 213.91□□□□□ -0.186e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 ZNF330-205ENST00000512738 552 ntTSL 413.65□□□□□ -0.227e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-201ENST00000228284 4004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.377e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SAR1A-205ENST00000373242 5981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.57e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SAR1A-202ENST00000373238 3227 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.86□□□□□ -0.677e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SART3-204ENST00000546728 3637 ntTSL 1 (best)10.8□□□□□ -0.687e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 UBR4-202ENST00000375224 3475 ntTSL 2 BASIC10.67□□□□□ -0.76e-10■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SAR1A-206ENST00000431664 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.84□□□□□ -0.997e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 ZNF330-202ENST00000503649 573 ntTSL 56.5□□□□□ -1.377e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.744e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-208ENST00000476202 814 ntTSL 517.22■□□□□ 0.354e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-205ENST00000460350 1054 ntTSL 515.69■□□□□ 0.14e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-202ENST00000383083 3033 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.14e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-203ENST00000433593 2839 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.134e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-201ENST00000354952 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.334e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-210ENST00000493382 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.23□□□□□ -0.454e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-211ENST00000498625 593 ntTSL 410.29□□□□□ -0.764e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-209ENST00000481701 683 ntTSL 49.41□□□□□ -0.94e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-206ENST00000460885 609 ntTSL 37.06□□□□□ -1.284e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PLSCR4-207ENST00000475019 807 ntTSL 35.63□□□□□ -1.514e-8■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SRRT-214ENST00000614370 556 ntTSL 220.29■□□□□ 0.849e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 SRRT-202ENST00000431645 397 ntTSL 214.79□□□□□ -0.049e-7■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.366e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-202ENST00000424478 3174 ntTSL 218■□□□□ 0.476e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-203ENST00000477626 3507 ntTSL 216.02■□□□□ 0.166e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-209ENST00000556353 687 ntTSL 26.22□□□□□ -1.416e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-205ENST00000554081 3223 ntTSL 53.37□□□□□ -1.876e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-206ENST00000554429 2977 ntTSL 53.25□□□□□ -1.896e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PRPF39-207ENST00000554439 2982 ntTSL 53.18□□□□□ -1.96e-6■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 LINC00534-203ENST00000523406 812 ntTSL 3 BASIC8.43□□□□□ -1.062e-14■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 LINC00534-202ENST00000523283 772 ntTSL 28.43□□□□□ -1.062e-14■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 LINC00534-204ENST00000524361 620 ntTSL 38.29□□□□□ -1.082e-14■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 LINC00534-201ENST00000517400 793 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.52e-14■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.641e-42■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 GREB1-207ENST00000432985 2052 ntTSL 1 (best)16.18■□□□□ 0.182e-9■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 GREB1-204ENST00000381486 8484 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.072e-9■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 GREB1-201ENST00000234142 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.082e-9■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 MALAT1-205ENST00000610851 584 ntTSL 2 BASIC6.28□□□□□ -1.41e-323■■■□□ 14.7
U2AF1Q01081 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.814e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.14e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.54e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 RNF216-205ENST00000425013 5639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.174e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 RNF216-202ENST00000389902 3293 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.144e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 RNF216-201ENST00000389900 3104 ntTSL 1 (best)10.93□□□□□ -0.664e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 RNF216-209ENST00000484458 492 ntTSL 510.89□□□□□ -0.674e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 KIF20A-202ENST00000502338 600 ntTSL 36.21□□□□□ -1.426e-7■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.433e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 GOLGA3-207ENST00000545875 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.093e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 GOLGA3-202ENST00000450791 8870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.193e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 GOLGA3-201ENST00000204726 9252 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.273e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.922e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.652e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.612e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-216ENST00000555533 1605 ntTSL 1 (best)17.15■□□□□ 0.342e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-224ENST00000557550 1529 ntTSL 515.07■□□□□ 02e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-217ENST00000555640 2887 ntTSL 514.95□□□□□ -0.022e-6■■■□□ 14.6
U2AF1Q01081 METTL17-219ENST00000555902 868 ntTSL 312.45□□□□□ -0.422e-6■■■□□ 14.6
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 71.2 ms