Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC35.53■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC35.51■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC35.47■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
SHANK3Q9BYB0 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC35.45■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC35.42■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC35.42■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.42■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
SHANK3Q9BYB0 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC35.35■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
SHANK3Q9BYB0 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC35.32■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC35.31■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC35.31■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC35.31■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC35.3■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
SHANK3Q9BYB0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC35.26■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC35.2■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
SHANK3Q9BYB0 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.18■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
SHANK3Q9BYB0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC35.1■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC35.1■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
SHANK3Q9BYB0 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
SHANK3Q9BYB0 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC35■■■■□ 3.19
SHANK3Q9BYB0 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms