Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USF3Q68DE3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USF3Q68DE3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USF3Q68DE3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
USF3Q68DE3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 170.3 ms