Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3AQ13472 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TOP3AQ13472 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TOP3AQ13472 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TOP3AQ13472 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TOP3AQ13472 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TOP3AQ13472 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TOP3AQ13472 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
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