Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS41P49754 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS41P49754 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS41P49754 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS41P49754 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS41P49754 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS41P49754 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS41P49754 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS41P49754 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS41P49754 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS41P49754 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS41P49754 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS41P49754 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS41P49754 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS41P49754 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS41P49754 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS41P49754 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS41P49754 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS41P49754 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS41P49754 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS41P49754 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS41P49754 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS41P49754 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS41P49754 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS41P49754 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS41P49754 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS41P49754 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS41P49754 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
VPS41P49754 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS41P49754 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS41P49754 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS41P49754 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS41P49754 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS41P49754 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS41P49754 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS41P49754 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS41P49754 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS41P49754 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS41P49754 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS41P49754 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS41P49754 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS41P49754 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS41P49754 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS41P49754 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS41P49754 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS41P49754 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS41P49754 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS41P49754 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS41P49754 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS41P49754 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS41P49754 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS41P49754 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS41P49754 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS41P49754 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS41P49754 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS41P49754 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS41P49754 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS41P49754 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS41P49754 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS41P49754 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS41P49754 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS41P49754 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS41P49754 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS41P49754 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS41P49754 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS41P49754 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS41P49754 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS41P49754 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS41P49754 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS41P49754 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS41P49754 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS41P49754 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS41P49754 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS41P49754 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS41P49754 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS41P49754 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS41P49754 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS41P49754 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS41P49754 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS41P49754 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS41P49754 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS41P49754 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS41P49754 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS41P49754 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS41P49754 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS41P49754 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS41P49754 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS41P49754 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS41P49754 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS41P49754 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS41P49754 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS41P49754 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS41P49754 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS41P49754 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS41P49754 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms