Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
BDNFP23560 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BDNFP23560 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BDNFP23560 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BDNFP23560 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BDNFP23560 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
BDNFP23560 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BDNFP23560 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
BDNFP23560 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
BDNFP23560 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
BDNFP23560 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
BDNFP23560 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BDNFP23560 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
BDNFP23560 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BDNFP23560 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BDNFP23560 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BDNFP23560 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BDNFP23560 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
BDNFP23560 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
BDNFP23560 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
BDNFP23560 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
BDNFP23560 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
BDNFP23560 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BDNFP23560 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
BDNFP23560 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BDNFP23560 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
BDNFP23560 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
BDNFP23560 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BDNFP23560 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BDNFP23560 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BDNFP23560 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BDNFP23560 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BDNFP23560 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
BDNFP23560 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
BDNFP23560 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
BDNFP23560 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
BDNFP23560 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
BDNFP23560 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BDNFP23560 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
BDNFP23560 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
BDNFP23560 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
BDNFP23560 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
BDNFP23560 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
BDNFP23560 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
BDNFP23560 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
BDNFP23560 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
BDNFP23560 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BDNFP23560 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BDNFP23560 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
BDNFP23560 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BDNFP23560 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
BDNFP23560 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
BDNFP23560 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
BDNFP23560 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
BDNFP23560 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
BDNFP23560 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
BDNFP23560 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BDNFP23560 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BDNFP23560 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BDNFP23560 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BDNFP23560 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
BDNFP23560 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BDNFP23560 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BDNFP23560 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BDNFP23560 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
BDNFP23560 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
BDNFP23560 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
BDNFP23560 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
BDNFP23560 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BDNFP23560 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BDNFP23560 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
BDNFP23560 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BDNFP23560 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BDNFP23560 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
BDNFP23560 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
BDNFP23560 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
BDNFP23560 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
BDNFP23560 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
BDNFP23560 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
BDNFP23560 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
BDNFP23560 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
BDNFP23560 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
BDNFP23560 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
BDNFP23560 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
BDNFP23560 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
BDNFP23560 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
BDNFP23560 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
BDNFP23560 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
BDNFP23560 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
BDNFP23560 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
BDNFP23560 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
BDNFP23560 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
BDNFP23560 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
BDNFP23560 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
BDNFP23560 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms