Protein–RNA interactions for Protein: P23469

PTPRE, Receptor-type tyrosine-protein phosphatase epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 700 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPREP23469 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
PTPREP23469 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
PTPREP23469 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
PTPREP23469 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
PTPREP23469 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.35■■■□□ 2.61
PTPREP23469 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC31.35■■■□□ 2.61
PTPREP23469 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
PTPREP23469 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
PTPREP23469 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
PTPREP23469 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
PTPREP23469 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
PTPREP23469 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
PTPREP23469 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC31.31■■■□□ 2.6
PTPREP23469 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
PTPREP23469 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
PTPREP23469 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
PTPREP23469 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
PTPREP23469 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
PTPREP23469 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
PTPREP23469 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
PTPREP23469 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
PTPREP23469 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
PTPREP23469 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
PTPREP23469 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
PTPREP23469 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
PTPREP23469 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
PTPREP23469 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
PTPREP23469 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
PTPREP23469 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
PTPREP23469 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
PTPREP23469 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
PTPREP23469 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
PTPREP23469 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
PTPREP23469 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
PTPREP23469 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
PTPREP23469 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC31.19■■■□□ 2.58
PTPREP23469 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
PTPREP23469 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC31.18■■■□□ 2.58
PTPREP23469 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC31.18■■■□□ 2.58
PTPREP23469 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
PTPREP23469 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
PTPREP23469 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
PTPREP23469 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
PTPREP23469 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
PTPREP23469 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
PTPREP23469 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
PTPREP23469 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
PTPREP23469 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC31.12■■■□□ 2.57
PTPREP23469 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
PTPREP23469 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
PTPREP23469 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
PTPREP23469 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
PTPREP23469 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
PTPREP23469 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
PTPREP23469 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
PTPREP23469 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
PTPREP23469 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
PTPREP23469 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC31.07■■■□□ 2.57
PTPREP23469 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
PTPREP23469 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
PTPREP23469 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
PTPREP23469 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
PTPREP23469 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
PTPREP23469 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
PTPREP23469 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
PTPREP23469 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC31.01■■■□□ 2.56
PTPREP23469 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
PTPREP23469 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC31.01■■■□□ 2.55
PTPREP23469 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
PTPREP23469 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
PTPREP23469 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC31■■■□□ 2.55
PTPREP23469 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
PTPREP23469 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC30.98■■■□□ 2.55
PTPREP23469 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
PTPREP23469 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
PTPREP23469 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
PTPREP23469 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
PTPREP23469 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
PTPREP23469 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
PTPREP23469 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
PTPREP23469 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
PTPREP23469 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.94■■■□□ 2.54
PTPREP23469 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
PTPREP23469 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
PTPREP23469 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC30.91■■■□□ 2.54
PTPREP23469 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
PTPREP23469 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
PTPREP23469 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
PTPREP23469 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
PTPREP23469 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
PTPREP23469 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
PTPREP23469 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.88■■■□□ 2.53
PTPREP23469 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms