Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL6A2P12110 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
COL6A2P12110 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL6A2P12110 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL6A2P12110 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL6A2P12110 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A2P12110 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A2P12110 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A2P12110 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A2P12110 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms