Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
NKX2-6A6NCS4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
NKX2-6A6NCS4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NKX2-6A6NCS4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-6A6NCS4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NKX2-6A6NCS4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.6 ms