Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG3P49916 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG3P49916 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIG3P49916 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms