Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SDC1P18827 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms