Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 LINC00969-327ENST00000630417 918 ntTSL 512.03□□□□□ -0.485e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-293ENST00000627562 1184 ntTSL 511.45□□□□□ -0.585e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-290ENST00000627502 874 ntTSL 511.42□□□□□ -0.585e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 STXBP5-204ENST00000367481 9177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.635e-6■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 NGLY1-203ENST00000308710 2086 ntTSL 1 (best)11.08□□□□□ -0.647e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-304ENST00000628301 772 ntTSL 510.82□□□□□ -0.685e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-259ENST00000625776 911 ntTSL 510.77□□□□□ -0.695e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-208ENST00000431767 486 ntTSL 510.64□□□□□ -0.715e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-288ENST00000627363 731 ntTSL 510.23□□□□□ -0.775e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-215ENST00000451216 405 ntTSL 59.8□□□□□ -0.845e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-317ENST00000629686 669 ntTSL 59.56□□□□□ -0.885e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-324ENST00000630243 955 ntTSL 59.53□□□□□ -0.885e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-252ENST00000620737 702 ntTSL 59.25□□□□□ -0.935e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 NGLY1-201ENST00000280699 1897 ntTSL 59.06□□□□□ -0.967e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 STXBP5-201ENST00000321680 3456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.68□□□□□ -1.025e-6■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 STXBP5-203ENST00000367480 3297 ntTSL 5 BASIC8.67□□□□□ -1.025e-6■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-267ENST00000626178 342 ntTSL 58.49□□□□□ -1.055e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-308ENST00000628547 882 ntTSL 58.3□□□□□ -1.085e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-201ENST00000282587 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.087e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-335ENST00000631105 702 ntTSL 58.1□□□□□ -1.115e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 NGLY1-215ENST00000496726 3196 ntTSL 26.87□□□□□ -1.317e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 LINC00969-251ENST00000618708 606 ntTSL 56.13□□□□□ -1.435e-7■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-205ENST00000435660 4776 ntTSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.467e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-208ENST00000454324 2359 ntTSL 25.59□□□□□ -1.517e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-204ENST00000406369 4589 ntTSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.627e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-207ENST00000449777 2207 ntTSL 24.88□□□□□ -1.637e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-203ENST00000379343 2354 ntTSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.77e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC30A6-202ENST00000357055 4758 ntTSL 2 BASIC3.6□□□□□ -1.837e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 ZNF131-218ENST00000511736 956 ntTSL 1 (best)18.58■□□□□ 0.562e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 ZNF131-215ENST00000509931 970 ntTSL 2 BASIC5.07□□□□□ -1.62e-9■■■□□ 16.7
U2AF1Q01081 SLC26A6-203ENST00000358747 2729 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.26e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 SLC26A6-217ENST00000480524 2727 ntTSL 1 (best)15.86■□□□□ 0.136e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ENPP1-204ENST00000513998 3107 ntTSL 526.66■■□□□ 1.866e-6■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 CEP95-203ENST00000556440 3139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.373e-9■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 CEP95-201ENST00000553412 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.633e-9■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 CEP95-205ENST00000577960 592 ntTSL 39.15□□□□□ -0.943e-9■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 CEP95-202ENST00000553956 2669 ntTSL 1 (best)5.42□□□□□ -1.543e-9■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.776e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 AUP1-204ENST00000463900 1645 ntTSL 1 (best)23.31■■□□□ 1.326e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 AUP1-202ENST00000425118 1581 ntTSL 1 (best)22.82■■□□□ 1.246e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 AUP1-206ENST00000466894 1658 ntTSL 521.97■■□□□ 1.116e-7■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.741e-6■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 EML4-203ENST00000402711 3568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.611e-6■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 EML4-202ENST00000401738 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.21e-6■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 SETD5-210ENST00000442373 900 ntTSL 512.02□□□□□ -0.495e-8■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 SETD5-207ENST00000415650 579 ntTSL 418.43■□□□□ 0.547e-8■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 SETD5-221ENST00000478475 477 ntTSL 410.25□□□□□ -0.777e-8■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ANKRD10-210ENST00000494859 705 ntTSL 539.52■■■■□ 3.921e-14■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.81e-14■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ANKRD10-206ENST00000465753 997 ntTSL 1 (best)25.12■■□□□ 1.611e-14■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.341e-14■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 ANKRD10-209ENST00000489973 745 ntTSL 311.95□□□□□ -0.51e-14■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 TIAL1-207ENST00000463089 907 ntTSL 510.15□□□□□ -0.783e-9■■■□□ 16.6
U2AF1Q01081 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.868e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.258e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 28e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.128e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.958e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-223ENST00000618001 3030 ntTSL 2 BASIC10.87□□□□□ -0.678e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-211ENST00000548489 1536 ntTSL 3 BASIC8.75□□□□□ -1.018e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-204ENST00000400167 1352 ntTSL 3 BASIC7.53□□□□□ -1.28e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 TGIF1-208ENST00000472042 2214 ntTSL 2 BASIC7.19□□□□□ -1.268e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 EIF4G2-217ENST00000531180 557 ntTSL 42.75□□□□□ -1.978e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.52e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.272e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.822e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 LRCH3-206ENST00000438796 7394 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.382e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 LRCH3-203ENST00000425562 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.312e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 SMCHD1-206ENST00000581631 729 ntTSL 34.06□□□□□ -1.763e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.274e-7■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 APMAP-202ENST00000451442 2117 ntTSL 516.72■□□□□ 0.274e-7■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 NXF1-210ENST00000531579 590 ntTSL 419.96■□□□□ 0.795e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.625e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 NXF1-207ENST00000530875 1922 ntTSL 1 (best)18.57■□□□□ 0.565e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.525e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 NXF1-211ENST00000531709 4128 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.085e-8■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 BROX-207ENST00000537020 3670 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.163e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 BROX-208ENST00000539697 3734 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.263e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 BROX-209ENST00000612948 4028 ntTSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.843e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 BROX-201ENST00000340934 4124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.943e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.852e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 UBE2B-207ENST00000510021 415 ntTSL 220.07■□□□□ 0.82e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 UBE2B-208ENST00000511807 818 ntTSL 314.95□□□□□ -0.022e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 UBE2B-205ENST00000506787 500 ntTSL 313.26□□□□□ -0.292e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 UBE2B-206ENST00000507277 644 ntTSL 511.47□□□□□ -0.572e-6■■■□□ 16.5
U2AF1Q01081 SNHG1-206ENST00000537925 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.042e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 SNHG1-209ENST00000538654 2768 ntTSL 211.07□□□□□ -0.642e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 SNHG1-204ENST00000537068 629 ntTSL 5 BASIC6.99□□□□□ -1.292e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 SNHG1-219ENST00000542112 780 ntTSL 3 BASIC4.81□□□□□ -1.642e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.891e-9■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-9■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 VAPA-208ENST00000584796 654 ntTSL 33.35□□□□□ -1.871e-9■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.173e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.813e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.613e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-201ENST00000256830 2920 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.553e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-204ENST00000382850 8251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.723e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 NEDD4L-209ENST00000456986 8436 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.723e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-206ENST00000528561 1099 ntTSL 526.39■■□□□ 1.822e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-203ENST00000525639 2850 ntTSL 523.26■■□□□ 1.312e-7■■■□□ 16.4
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 63.9 ms