Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms