Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USF3Q68DE3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms