Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZU5

LMCD1, LIM and cysteine-rich domains protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMCD1Q9NZU5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
LMCD1Q9NZU5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
LMCD1Q9NZU5 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
LMCD1Q9NZU5 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LMCD1Q9NZU5 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.36■■■□□ 2.29
LMCD1Q9NZU5 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LMCD1Q9NZU5 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
LMCD1Q9NZU5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LMCD1Q9NZU5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.26■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
LMCD1Q9NZU5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.14■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
LMCD1Q9NZU5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.1■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
LMCD1Q9NZU5 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
LMCD1Q9NZU5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
LMCD1Q9NZU5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
LMCD1Q9NZU5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms