Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCL28Q9NRJ3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCL28Q9NRJ3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCL28Q9NRJ3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCL28Q9NRJ3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCL28Q9NRJ3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms