Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.67■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.62■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
ZNF541Q9H0D2 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
ZNF541Q9H0D2 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
ZNF541Q9H0D2 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
ZNF541Q9H0D2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
ZNF541Q9H0D2 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
ZNF541Q9H0D2 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
ZNF541Q9H0D2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
ZNF541Q9H0D2 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.29■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.92
ZNF541Q9H0D2 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.26■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.24■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
ZNF541Q9H0D2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC33.14■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
ZNF541Q9H0D2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
ZNF541Q9H0D2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
ZNF541Q9H0D2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
ZNF541Q9H0D2 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms