Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC34.89■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CHMP4AQ9BY43 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.88■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.87■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
CHMP4AQ9BY43 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC34.82■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC34.82■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
CHMP4AQ9BY43 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CHMP4AQ9BY43 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CHMP4AQ9BY43 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CHMP4AQ9BY43 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
CHMP4AQ9BY43 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC34.48■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC34.48■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
CHMP4AQ9BY43 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC34.41■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CHMP4AQ9BY43 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC34.37■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CHMP4AQ9BY43 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
CHMP4AQ9BY43 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms