Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
USP38Q8NB14 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
USP38Q8NB14 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
USP38Q8NB14 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
USP38Q8NB14 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP38Q8NB14 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP38Q8NB14 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC30.26■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
USP38Q8NB14 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP38Q8NB14 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP38Q8NB14 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
USP38Q8NB14 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP38Q8NB14 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP38Q8NB14 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP38Q8NB14 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms