Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC46.95■■■■■ 5.11
CUX1P39880 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC46.95■■■■■ 5.11
CUX1P39880 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC46.92■■■■■ 5.1
CUX1P39880 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.91■■■■■ 5.1
CUX1P39880 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC46.91■■■■■ 5.1
CUX1P39880 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46.9■■■■■ 5.1
CUX1P39880 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC46.88■■■■■ 5.09
CUX1P39880 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC46.87■■■■■ 5.09
CUX1P39880 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC46.87■■■■■ 5.09
CUX1P39880 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC46.86■■■■■ 5.09
CUX1P39880 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC46.86■■■■■ 5.09
CUX1P39880 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC46.86■■■■■ 5.09
CUX1P39880 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC46.85■■■■■ 5.09
CUX1P39880 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC46.85■■■■■ 5.09
CUX1P39880 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC46.84■■■■■ 5.09
CUX1P39880 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC46.84■■■■■ 5.09
CUX1P39880 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC46.84■■■■■ 5.09
CUX1P39880 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC46.84■■■■■ 5.09
CUX1P39880 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC46.83■■■■■ 5.09
CUX1P39880 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC46.82■■■■■ 5.09
CUX1P39880 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC46.79■■■■■ 5.08
CUX1P39880 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.74■■■■■ 5.07
CUX1P39880 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC46.74■■■■■ 5.07
CUX1P39880 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.72■■■■■ 5.07
CUX1P39880 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC46.72■■■■■ 5.07
CUX1P39880 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC46.71■■■■■ 5.07
CUX1P39880 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC46.69■■■■■ 5.07
CUX1P39880 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.69■■■■■ 5.07
CUX1P39880 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC46.69■■■■■ 5.07
CUX1P39880 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.69■■■■■ 5.07
CUX1P39880 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC46.68■■■■■ 5.06
CUX1P39880 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.68■■■■■ 5.06
CUX1P39880 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC46.66■■■■■ 5.06
CUX1P39880 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC46.64■■■■■ 5.06
CUX1P39880 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC46.63■■■■■ 5.05
CUX1P39880 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46.63■■■■■ 5.05
CUX1P39880 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC46.62■■■■■ 5.05
CUX1P39880 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC46.62■■■■■ 5.05
CUX1P39880 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.59■■■■■ 5.05
CUX1P39880 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.58■■■■■ 5.05
CUX1P39880 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC46.58■■■■■ 5.05
CUX1P39880 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46.56■■■■■ 5.04
CUX1P39880 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.56■■■■■ 5.04
CUX1P39880 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC46.53■■■■■ 5.04
CUX1P39880 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC46.52■■■■■ 5.04
CUX1P39880 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.51■■■■■ 5.04
CUX1P39880 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC46.51■■■■■ 5.04
CUX1P39880 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.49■■■■■ 5.03
CUX1P39880 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.49■■■■■ 5.03
CUX1P39880 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC46.48■■■■■ 5.03
CUX1P39880 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC46.47■■■■■ 5.03
CUX1P39880 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.47■■■■■ 5.03
CUX1P39880 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.47■■■■■ 5.03
CUX1P39880 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.45■■■■■ 5.03
CUX1P39880 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC46.44■■■■■ 5.02
CUX1P39880 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC46.42■■■■■ 5.02
CUX1P39880 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC46.39■■■■■ 5.02
CUX1P39880 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC46.39■■■■■ 5.02
CUX1P39880 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC46.38■■■■■ 5.02
CUX1P39880 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.38■■■■■ 5.02
CUX1P39880 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC46.38■■■■■ 5.02
CUX1P39880 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.37■■■■■ 5.01
CUX1P39880 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC46.37■■■■■ 5.01
CUX1P39880 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC46.36■■■■■ 5.01
CUX1P39880 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC46.34■■■■■ 5.01
CUX1P39880 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC46.34■■■■■ 5.01
CUX1P39880 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.33■■■■■ 5.01
CUX1P39880 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC46.3■■■■■ 5
CUX1P39880 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.28■■■■■ 5
CUX1P39880 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC46.27■■■■■ 5
CUX1P39880 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.27■■■■■ 5
CUX1P39880 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC46.25■■■■■ 4.99
CUX1P39880 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC46.25■■■■■ 4.99
CUX1P39880 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.24■■■■■ 4.99
CUX1P39880 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC46.24■■■■■ 4.99
CUX1P39880 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC46.23■■■■■ 4.99
CUX1P39880 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC46.23■■■■■ 4.99
CUX1P39880 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC46.21■■■■■ 4.99
CUX1P39880 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC46.2■■■■■ 4.99
CUX1P39880 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC46.19■■■■■ 4.98
CUX1P39880 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC46.18■■■■■ 4.98
CUX1P39880 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC46.18■■■■■ 4.98
CUX1P39880 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC46.17■■■■■ 4.98
CUX1P39880 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC46.15■■■■■ 4.98
CUX1P39880 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC46.14■■■■■ 4.98
CUX1P39880 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.13■■■■■ 4.98
CUX1P39880 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC46.13■■■■■ 4.98
CUX1P39880 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.12■■■■■ 4.97
CUX1P39880 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC46.12■■■■■ 4.97
CUX1P39880 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC46.1■■■■■ 4.97
CUX1P39880 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.1■■■■■ 4.97
CUX1P39880 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.09■■■■■ 4.97
CUX1P39880 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC46.09■■■■■ 4.97
CUX1P39880 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC46.08■■■■■ 4.97
CUX1P39880 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC46.08■■■■■ 4.97
CUX1P39880 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.07■■■■■ 4.96
CUX1P39880 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC46.06■■■■■ 4.96
CUX1P39880 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC46.06■■■■■ 4.96
CUX1P39880 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC46.06■■■■■ 4.96
CUX1P39880 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC46.06■■■■■ 4.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms