Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
BRCA1P38398 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
BRCA1P38398 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
BRCA1P38398 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
BRCA1P38398 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
BRCA1P38398 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC34.31■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
BRCA1P38398 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC34.25■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
BRCA1P38398 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC34.2■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC34.14■■■■□ 3.06
BRCA1P38398 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC34.12■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
BRCA1P38398 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC34.07■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC34.04■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
BRCA1P38398 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
BRCA1P38398 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
BRCA1P38398 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
BRCA1P38398 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
BRCA1P38398 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
BRCA1P38398 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.95■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
BRCA1P38398 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
BRCA1P38398 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.82■■■■□ 3
BRCA1P38398 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
BRCA1P38398 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.81■■■■□ 3
BRCA1P38398 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
BRCA1P38398 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
BRCA1P38398 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
BRCA1P38398 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms