Protein–RNA interactions for Protein: P04440

HLA-DPB1, HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DPB1P04440 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HLA-DPB1P04440 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-DPB1P04440 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-DPB1P04440 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-DPB1P04440 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-DPB1P04440 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-DPB1P04440 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HLA-DPB1P04440 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HLA-DPB1P04440 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms