Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms