Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.282e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.632e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 ANKRD13D-207ENST00000506531 1118 ntTSL 513.98□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-205ENST00000558036 2108 ntTSL 220.41■□□□□ 0.869e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-203ENST00000540017 506 ntTSL 1 (best)16.52■□□□□ 0.249e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.199e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-202ENST00000394082 556 ntTSL 1 (best)14.56□□□□□ -0.089e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-207ENST00000559309 924 ntTSL 513.83□□□□□ -0.29e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-211ENST00000560433 2440 ntTSL 211.14□□□□□ -0.639e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 SNRPA1-212ENST00000560496 824 ntTSL 58.61□□□□□ -1.039e-7■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-201ENST00000327031 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-220ENST00000578101 4148 ntTSL 212.28□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-222ENST00000579294 3936 ntTSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-218ENST00000577485 555 ntTSL 511.94□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 FLII-215ENST00000545457 3975 ntTSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.41e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.051e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-209ENST00000430453 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.061e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-211ENST00000458595 5977 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.061e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-208ENST00000396446 3059 ntTSL 1 (best) BASIC10.5□□□□□ -0.731e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-207ENST00000396445 5706 ntTSL 1 (best) BASIC10.29□□□□□ -0.761e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-204ENST00000376454 7381 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.841e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-202ENST00000376451 7383 ntTSL 1 (best) BASIC9.52□□□□□ -0.891e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 KIAA1217-201ENST00000307544 3281 ntTSL 1 (best) BASIC8.9□□□□□ -0.991e-10■■■■■ 38.9
SF3A3Q12874 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.688e-7■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 MKNK2-205ENST00000586828 1503 ntTSL 218.64■□□□□ 0.578e-7■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.538e-7■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 MKNK2-213ENST00000591601 3582 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.298e-7■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.019e-7■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 PIDD1-207ENST00000528122 577 ntTSL 314.32□□□□□ -0.121e-9■■■■■ 38.8
SF3A3Q12874 WDR90-223ENST00000552728 3133 ntTSL 516.74■□□□□ 0.276e-7■■■■■ 38.7
SF3A3Q12874 WDR90-207ENST00000547407 3847 ntTSL 214.87□□□□□ -0.036e-7■■■■■ 38.7
SF3A3Q12874 BHLHE40-203ENST00000467610 1366 ntTSL 216.36■□□□□ 0.215e-7■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 BHLHE40-201ENST00000256495 3473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.245e-7■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 WDR90-218ENST00000550739 399 ntTSL 513.92□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 CCDC142-206ENST00000473278 810 ntTSL 211.17□□□□□ -0.623e-9■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 CCDC142-208ENST00000486335 566 ntTSL 58.55□□□□□ -1.043e-9■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 EPS8L2-222ENST00000532545 419 ntTSL 319.62■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 FLNB-206ENST00000468939 573 ntTSL 211.64□□□□□ -0.553e-9■■■■■ 38.6
SF3A3Q12874 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.712e-6■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 ILKAP-204ENST00000463129 1861 ntTSL 218.65■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 NCAPD2-202ENST00000382457 2844 ntTSL 511.63□□□□□ -0.553e-9■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 ANKRD52-201ENST00000267116 8688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 NUP85-202ENST00000449421 1287 ntTSL 212.58□□□□□ -0.45e-8■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 NUP85-224ENST00000583948 1197 ntTSL 210.87□□□□□ -0.675e-8■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 NUP85-223ENST00000583877 575 ntTSL 37.09□□□□□ -1.275e-8■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 COASY-212ENST00000591583 716 ntTSL 211.97□□□□□ -0.493e-9■■■■■ 38.5
SF3A3Q12874 CLK3-225ENST00000569063 833 ntTSL 517.83■□□□□ 0.441e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-221ENST00000568139 918 ntTSL 514.46□□□□□ -0.091e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-211ENST00000563297 526 ntTSL 413.36□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-223ENST00000568488 481 ntTSL 312.71□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-217ENST00000566126 732 ntTSL 512.52□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-214ENST00000564096 805 ntTSL 212.3□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CLK3-224ENST00000568605 1047 ntTSL 211.72□□□□□ -0.531e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.224e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.094e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 CCNL2-215ENST00000482621 2059 ntTSL 215.77■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 SUN1-233ENST00000488628 626 ntTSL 414.9□□□□□ -0.028e-9■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 RXRA-201ENST00000356384 5770 ntTSL 517.91■□□□□ 0.461e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.141e-6■■■■■ 38.4
SF3A3Q12874 HECTD4-203ENST00000547085 1868 ntTSL 521.46■■□□□ 1.036e-8■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 GALE-212ENST00000470383 2073 ntTSL 226.28■■□□□ 1.82e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 WNK2-206ENST00000448039 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)22.64■■□□□ 1.222e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 DDX51-205ENST00000545991 1734 ntTSL 520.41■□□□□ 0.865e-7■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 GALE-209ENST00000467070 556 ntTSL 319.06■□□□□ 0.642e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 GALE-208ENST00000466250 598 ntTSL 218.27■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 BCAM-210ENST00000591520 878 ntTSL 317.76■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 BRWD1-204ENST00000380800 7605 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 RPAP1-201ENST00000304330 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.415e-7■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 RPAP1-204ENST00000562303 5897 ntTSL 1 (best)12.37□□□□□ -0.435e-7■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 RPAP1-202ENST00000561603 3906 ntTSL 5 BASIC10.06□□□□□ -0.85e-7■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 BRWD1-203ENST00000342449 12929 ntTSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.142e-6■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 CTTN-206ENST00000482755 1087 ntTSL 216.47■□□□□ 0.234e-8■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.392e-8■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 38.3
SF3A3Q12874 METTL26-206ENST00000448973 1710 ntTSL 1 (best)22.8■■□□□ 1.245e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-210ENST00000565799 716 ntTSL 320.19■□□□□ 0.825e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.475e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-209ENST00000565163 485 ntTSL 317.01■□□□□ 0.315e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-213ENST00000568830 590 ntTSL 316.01■□□□□ 0.155e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-207ENST00000456420 755 ntTSL 315.84■□□□□ 0.135e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-211ENST00000568077 588 ntTSL 315.59■□□□□ 0.095e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-212ENST00000568773 499 ntTSL 215.34■□□□□ 0.055e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.015e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.015e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.045e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-208ENST00000564039 518 ntTSL 214.55□□□□□ -0.085e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC14.08□□□□□ -0.165e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.175e-20■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 CDK18-211ENST00000489617 3190 ntTSL 1 (best)12.55□□□□□ -0.41e-7■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 TUBGCP6-202ENST00000425018 1509 ntTSL 1 (best)19.89■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 CWF19L1-206ENST00000478047 2694 ntTSL 211.56□□□□□ -0.561e-47■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 CWF19L1-204ENST00000468709 2402 ntTSL 29.96□□□□□ -0.821e-47■■■■■ 38.2
SF3A3Q12874 CWF19L1-201ENST00000354105 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.75□□□□□ -1.011e-47■■■■■ 38.2
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 168.9 ms