Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ZNF276-206ENST00000563983 3403 ntTSL 212.6□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 USP45-204ENST00000369233 2514 ntTSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.572e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-201ENST00000519077 5673 ntTSL 1 (best) BASIC4.53□□□□□ -1.682e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-207ENST00000569384 443 ntTSL 24.5□□□□□ -1.692e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-209ENST00000602971 1599 ntTSL 23.89□□□□□ -1.792e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-208ENST00000602393 2233 ntTSL 23.62□□□□□ -1.832e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-203ENST00000540687 2744 ntTSL 1 (best)3.36□□□□□ -1.872e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 USP45-207ENST00000496518 5319 ntTSL 1 (best)3.27□□□□□ -1.892e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 TUG1-202ENST00000521091 2110 ntTSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.892e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 USP45-208ENST00000500704 5826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.98□□□□□ -1.932e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 USP45-213ENST00000513344 801 ntTSL 31.27□□□□□ -2.212e-8■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-202ENST00000311275 5362 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.658e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-217ENST00000536340 5273 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.6□□□□□ -0.718e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-205ENST00000360911 4991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.45□□□□□ -0.748e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-220ENST00000617418 3411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.11□□□□□ -0.798e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-204ENST00000355972 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.66□□□□□ -0.868e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-218ENST00000540497 3405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.928e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-213ENST00000461685 3567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.21□□□□□ -0.948e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-219ENST00000611941 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.988e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-207ENST00000396281 5511 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.66□□□□□ -1.028e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-201ENST00000262975 4139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.038e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-203ENST00000352431 3832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.57□□□□□ -1.048e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-212ENST00000458360 3729 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.18□□□□□ -1.18e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-206ENST00000372023 5144 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.18□□□□□ -1.18e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-221ENST00000619049 4027 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.118e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-211ENST00000446994 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.91□□□□□ -1.148e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 ZMYND8-216ENST00000471951 4053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.87□□□□□ -1.158e-7■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.693e-6■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.473e-6■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 SREBF2-202ENST00000424354 5699 ntTSL 1 (best)14.05□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 44.2
SF3B1O75533 PDLIM7-206ENST00000463411 1015 ntTSL 224.41■■□□□ 1.54e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-204ENST00000393546 671 ntTSL 320.63■□□□□ 0.894e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.814e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-216ENST00000506537 636 ntTSL 219.83■□□□□ 0.774e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.534e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-215ENST00000506161 759 ntTSL 318.33■□□□□ 0.534e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-210ENST00000503827 451 ntTSL 517.66■□□□□ 0.424e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 PDLIM7-213ENST00000505074 931 ntTSL 317.66■□□□□ 0.424e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.12e-6■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.41□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.811e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 AC078778.2-201ENST00000553061 567 ntTSL 5 BASIC7.27□□□□□ -1.245e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 AP2A1-205ENST00000597774 2196 ntTSL 518.13■□□□□ 0.497e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 AP2A1-201ENST00000354293 3388 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.487e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 AP2A1-202ENST00000359032 3286 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.537e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 RBM26-206ENST00000472143 2192 ntTSL 226.53■■□□□ 1.847e-7■■■■■ 44.1
SF3B1O75533 SON-207ENST00000436227 5269 ntAPPRIS P1 TSL 58.64□□□□□ -1.036e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 TMEM183A-205ENST00000543891 924 ntTSL 323.05■■□□□ 1.287e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 TMC6-210ENST00000588792 843 ntTSL 219.81■□□□□ 0.767e-7■■■■■ 44
SF3B1O75533 TMC6-207ENST00000586697 571 ntTSL 416.23■□□□□ 0.197e-7■■■■■ 44
SF3B1O75533 TMEM183A-203ENST00000468449 763 ntTSL 313.14□□□□□ -0.317e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.029e-7■■■■■ 44
SF3B1O75533 E2F3-203ENST00000613242 4094 ntTSL 5 BASIC12.59□□□□□ -0.399e-7■■■■■ 44
SF3B1O75533 E2F3-202ENST00000535432 4425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.89e-7■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-235ENST00000527719 750 ntTSL 520.67■□□□□ 0.95e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-230ENST00000526332 579 ntTSL 420.52■□□□□ 0.875e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-218ENST00000488042 1134 ntTSL 219.25■□□□□ 0.675e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-237ENST00000530031 800 ntTSL 518.95■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-207ENST00000434694 1056 ntTSL 518.77■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-232ENST00000526904 551 ntTSL 418.32■□□□□ 0.525e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-206ENST00000430786 849 ntTSL 516.97■□□□□ 0.315e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-229ENST00000526113 591 ntTSL 515.01□□□□□ -0.015e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 INTS11-231ENST00000526797 659 ntTSL 413.83□□□□□ -0.25e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.635e-6■■■■■ 44
SF3B1O75533 PIK3CB-213ENST00000493568 2347 ntTSL 25.24□□□□□ -1.573e-7■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 PIK3CB-214ENST00000544716 3181 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.663e-7■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 CARS-207ENST00000465331 583 ntTSL 315.32■□□□□ 0.043e-6■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 CARS-211ENST00000524825 550 ntTSL 414.17□□□□□ -0.143e-6■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 CARS-213ENST00000527330 564 ntTSL 414.17□□□□□ -0.143e-6■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 CARS-216ENST00000639317 135 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.333e-6■■■■■ 43.9
SF3B1O75533 KIF2C-204ENST00000452259 1124 ntTSL 59□□□□□ -0.976e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KIF2C-208ENST00000493027 1091 ntTSL 56.61□□□□□ -1.356e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 ZFPM2-203ENST00000517361 3300 ntTSL 2 BASIC5.13□□□□□ -1.593e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-204ENST00000578938 660 ntTSL 310.92□□□□□ -0.664e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-202ENST00000417253 1872 ntTSL 57.86□□□□□ -1.154e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-207ENST00000580168 6279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.32□□□□□ -1.44e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-206ENST00000579953 6365 ntTSL 26.17□□□□□ -1.424e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-201ENST00000358691 13810 ntTSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.834e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 HELZ-203ENST00000578783 577 ntTSL 31.68□□□□□ -2.144e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KDM3A-216ENST00000542128 4311 ntTSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KDM3A-205ENST00000441719 8741 ntTSL 210.93□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 KDM3A-202ENST00000409064 4621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.722e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 LUC7L-213ENST00000464711 2134 ntTSL 215.97■□□□□ 0.154e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 LUC7L-220ENST00000495349 1006 ntTSL 214.65□□□□□ -0.064e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.486e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 STRIP2-202ENST00000435494 2866 ntTSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 STRIP2-201ENST00000249344 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.313e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 COQ8A-204ENST00000476488 264 ntTSL 315.48■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 43.8
SF3B1O75533 EMD-204ENST00000468294 501 ntTSL 216.32■□□□□ 0.25e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 TMEM56-203ENST00000456991 992 ntTSL 323.78■■□□□ 1.41e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 TMEM56-RWDD3-202ENST00000604534 1491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.031e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 TMEM56-202ENST00000455656 609 ntTSL 512.95□□□□□ -0.341e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 TMEM56-201ENST00000370203 6822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 AC092802.3-201ENST00000434207 420 ntTSL 3 BASIC8.64□□□□□ -1.031e-6■■■■■ 43.7
SF3B1O75533 CSNK1D-221ENST00000582844 957 ntTSL 523.38■■□□□ 1.332e-6■■■■■ 43.7
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 593.2 ms