Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.713e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 JDP2-207ENST00000559773 558 ntTSL 219.43■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CNIH3-208ENST00000483512 968 ntTSL 219.42■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ZNF598-201ENST00000561787 786 ntTSL 319.29■□□□□ 0.683e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CUL9-204ENST00000502719 875 ntTSL 319.28■□□□□ 0.683e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 POR-219ENST00000471238 600 ntTSL 319.26■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-209ENST00000466765 693 ntTSL 219.24■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.663e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ARHGEF1-210ENST00000594521 826 ntTSL 519.03■□□□□ 0.642e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-BMI1-201ENST00000417470 745 ntTSL 518.99■□□□□ 0.633e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.633e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 WIPI2-214ENST00000496867 745 ntTSL 518.84■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-266ENST00000557198 583 ntTSL 218.81■□□□□ 0.63e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CCDC9-202ENST00000595659 356 ntTSL 318.74■□□□□ 0.593e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 USP20-208ENST00000494971 503 ntTSL 318.67■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-220ENST00000553784 943 ntTSL 218.67■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-214ENST00000496071 1150 ntTSL 518.66■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 USPL1-202ENST00000465952 1133 ntTSL 218.6■□□□□ 0.573e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.553e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CEP250-205ENST00000425096 629 ntTSL 318.5■□□□□ 0.553e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.542e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-204ENST00000450814 1941 ntTSL 218.29■□□□□ 0.523e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.523e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 BRWD3-203ENST00000478415 1350 ntTSL 518.26■□□□□ 0.513e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.513e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.493e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.493e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDUFAF5-210ENST00000477732 552 ntTSL 518.08■□□□□ 0.493e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 RGL2-241ENST00000476616 1141 ntTSL 517.98■□□□□ 0.473e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 USP20-206ENST00000491053 590 ntTSL 517.9■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.453e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.433e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-BMI1-204ENST00000489125 329 ntTSL 217.71■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 THOC6-203ENST00000571046 614 ntTSL 217.67■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 RGL2-245ENST00000491168 2316 ntTSL 217.65■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NPRL3-202ENST00000419636 616 ntTSL 517.47■□□□□ 0.393e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDUFAF5-214ENST00000485738 718 ntTSL 517.46■□□□□ 0.383e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NUTF2-204ENST00000568390 593 ntTSL 317.3■□□□□ 0.363e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ZNF598-209ENST00000567625 775 ntTSL 517.2■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.342e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 POR-203ENST00000412521 586 ntTSL 417.15■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 DUS3L-212ENST00000592468 797 ntTSL 517.11■□□□□ 0.333e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 SCRIB-208ENST00000546337 516 ntTSL 317.08■□□□□ 0.323e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 POR-213ENST00000448410 1104 ntTSL 316.97■□□□□ 0.313e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 DUS3L-211ENST00000591560 768 ntTSL 516.96■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-271ENST00000557353 1919 ntTSL 216.93■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.273e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ZDHHC17-202ENST00000546778 1146 ntTSL 216.76■□□□□ 0.273e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FAM102A-205ENST00000479828 366 ntTSL 516.67■□□□□ 0.263e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ITGA2B-207ENST00000592226 1170 ntTSL 516.67■□□□□ 0.263e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PHF1-211ENST00000495509 1752 ntTSL 216.66■□□□□ 0.262e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.243e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 DDA1-205ENST00000596925 560 ntTSL 416.51■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 AMZ2-208ENST00000579724 722 ntTSL 516.48■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-211ENST00000472528 1055 ntTSL 1 (best)16.45■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 CUL9-205ENST00000502937 556 ntTSL 416.42■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TMEM94-208ENST00000578853 905 ntTSL 316.38■□□□□ 0.212e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-235ENST00000601247 458 ntTSL 416.35■□□□□ 0.213e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.213e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.213e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.163e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ARFGAP1-219ENST00000524192 980 ntTSL 216.04■□□□□ 0.162e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-206ENST00000468179 1344 ntTSL 216■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TMEM94-228ENST00000583296 569 ntTSL 215.94■□□□□ 0.142e-11■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC15.91■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TXNDC17-206ENST00000574429 2100 nt15.81■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDUFAF5-201ENST00000378081 2409 ntTSL 215.8■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NPRL3-204ENST00000456528 794 ntTSL 515.68■□□□□ 0.13e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-228ENST00000599236 586 ntTSL 515.64■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FHOD1-210ENST00000569888 780 ntTSL 215.63■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 AMZ2-217ENST00000584837 672 ntTSL 515.62■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-214ENST00000596507 1014 ntTSL 515.53■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-222ENST00000597718 884 ntTSL 515.53■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-226ENST00000598932 575 ntTSL 515.53■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 SPAG5-214ENST00000582076 719 ntTSL 315.52■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-202ENST00000444869 757 ntTSL 215.42■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 COMMD3-203ENST00000448361 757 ntTSL 315.42■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-205ENST00000594068 841 ntTSL 515.42■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 NDRG2-265ENST00000557182 559 ntTSL 415.4■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.043e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TKT-210ENST00000469678 1871 ntTSL 515.29■□□□□ 0.043e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 EHMT1-244ENST00000637655 100 ntTSL 515.2■□□□□ 0.023e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.013e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FCHO1-207ENST00000595023 1131 ntTSL 515.05■□□□□ -03e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 FBXL5-205ENST00000507700 2306 ntTSL 1 (best)15.04■□□□□ -03e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 RNF170-209ENST00000534961 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 PTMS-204ENST00000540667 820 ntTSL 215.01□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 44.6
SF3B1O75533 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 44.6
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 574.2 ms