Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 POLR2E-209ENST00000591767 1214 ntTSL 226.55■■□□□ 1.842e-9■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 POLR2E-205ENST00000586817 2441 ntTSL 225.1■■□□□ 1.612e-9■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 POLR2E-206ENST00000589737 1105 ntTSL 222.83■■□□□ 1.252e-9■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 POLR2E-201ENST00000215587 1286 ntTSL 322.44■■□□□ 1.182e-9■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.42e-9■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.681e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.45e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.75e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.625e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.435e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.985e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.945e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.565e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 C19orf25-211ENST00000592486 2314 nt15.83■□□□□ 0.125e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 TNS3-201ENST00000311160 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.77e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 TNS3-204ENST00000428457 5070 ntTSL 1 (best)10.21□□□□□ -0.777e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 HS1BP3-206ENST00000446825 841 ntTSL 322.16■■□□□ 1.142e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 HS1BP3-204ENST00000415264 414 ntTSL 317.31■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 HS1BP3-201ENST00000304031 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BFAR-211ENST00000566710 1448 ntTSL 212.36□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.143e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.353e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.013e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.253e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.243e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.093e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-222ENST00000635152 2876 ntTSL 213.39□□□□□ -0.273e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-210ENST00000547374 3809 ntTSL 512.62□□□□□ -0.393e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BRF1-204ENST00000392557 3579 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.583e-7■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 GORASP1-208ENST00000431601 2346 ntTSL 521.1■□□□□ 0.975e-10■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BAHD1-203ENST00000561234 4698 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.099e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BAHD1-201ENST00000416165 4526 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.349e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 BAHD1-202ENST00000560846 4432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.449e-8■■■■■ 30.9
UPF1Q92900 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.337e-7■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.557e-7■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 CDIP1-213ENST00000589159 838 ntTSL 517.72■□□□□ 0.437e-15■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.712e-16■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 AFMID-202ENST00000409257 1730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.152e-16■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 KLF13-206ENST00000558921 440 ntTSL 337.35■■■■□ 3.578e-9■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.548e-9■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 FAM129A-202ENST00000417056 602 ntTSL 38.12□□□□□ -1.116e-8■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.075e-14■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.435e-8■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 NINJ1-204ENST00000489274 2026 ntTSL 216.16■□□□□ 0.185e-8■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 MVD-205ENST00000562981 537 ntTSL 224.14■■□□□ 1.452e-10■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.265e-7■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 ELL-202ENST00000594635 4074 ntTSL 1 (best)15.33■□□□□ 0.055e-7■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.373e-7■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.642e-9■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.198e-11■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.748e-11■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 AC097637.1-202ENST00000478201 570 ntTSL 216.11■□□□□ 0.178e-11■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 AC097637.1-201ENST00000494383 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.618e-11■■■■■ 30.8
UPF1Q92900 MYADM-204ENST00000391770 3056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.211e-10■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.191e-10■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 MYADM-201ENST00000336967 3047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.261e-10■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.271e-10■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 RPL7L1-205ENST00000483998 1103 ntTSL 511.88□□□□□ -0.515e-10■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 GPRC5C-203ENST00000392628 1529 ntAPPRIS ALT2 TSL 526.59■■□□□ 1.854e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.774e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.634e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.094e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 DCTD-208ENST00000507631 879 ntTSL 1 (best)22.56■■□□□ 1.21e-22■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 KAT7-202ENST00000424009 3469 ntTSL 1 (best) BASIC10.52□□□□□ -0.731e-7■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 KAT7-201ENST00000259021 9644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.28□□□□□ -1.081e-7■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 KAT7-203ENST00000435742 3638 ntTSL 2 BASIC7.66□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 CCDC85C-207ENST00000557769 3793 ntTSL 2 BASIC12.13□□□□□ -0.471e-7■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.741e-6■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.421e-6■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 ATF3-210ENST00000613104 581 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.121e-11■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 SLC35E1-201ENST00000409648 3691 ntTSL 28.38□□□□□ -1.074e-7■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.372e-9■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.467e-9■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 TRIB3-203ENST00000449710 1070 ntTSL 523.87■■□□□ 1.417e-9■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 VPS25-201ENST00000253794 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.542e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.311e-8■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.331e-9■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 LRRC59-202ENST00000503118 438 ntTSL 510.54□□□□□ -0.721e-9■■■■■ 30.7
UPF1Q92900 CD302-201ENST00000259053 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.718e-9■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 CD302-204ENST00000553424 3866 ntTSL 2 BASIC9.79□□□□□ -0.848e-9■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 CD302-203ENST00000480212 3839 ntTSL 39.7□□□□□ -0.868e-9■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 CD302-202ENST00000429078 3803 ntTSL 2 BASIC8.64□□□□□ -1.038e-9■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.311e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.691e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.481e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-205ENST00000561480 2304 ntTSL 219.81■□□□□ 0.761e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.441e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 PPP6R1-202ENST00000586690 668 ntTSL 216.55■□□□□ 0.241e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.852e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.82e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.142e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.142e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 CASP8-215ENST00000444430 1275 ntTSL 518.99■□□□□ 0.632e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.62e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 SCAMP3-205ENST00000472397 1030 ntTSL 315.42■□□□□ 0.062e-8■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 SCAMP3-206ENST00000478737 649 ntTSL 313.84□□□□□ -0.192e-8■■■■■ 30.6
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 101.2 ms