Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HPS3Q969F9 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HPS3Q969F9 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms