Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS39Q96JC1 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms