Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.6 ms