Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CHD3Q12873 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
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