Protein–RNA interactions for Protein: Q9P232

CNTN3, Contactin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CNTN3Q9P232 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CNTN3Q9P232 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CNTN3Q9P232 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms