Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SMARCAL1Q9NZC9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SMARCAL1Q9NZC9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SMARCAL1Q9NZC9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCAL1Q9NZC9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCAL1Q9NZC9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SMARCAL1Q9NZC9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCAL1Q9NZC9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
SMARCAL1Q9NZC9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SMARCAL1Q9NZC9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMARCAL1Q9NZC9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms