Protein–RNA interactions for Protein: Q9H239

MMP28, Matrix metalloproteinase-28, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP28Q9H239 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MMP28Q9H239 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MMP28Q9H239 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MMP28Q9H239 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MMP28Q9H239 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MMP28Q9H239 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MMP28Q9H239 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
MMP28Q9H239 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MMP28Q9H239 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
MMP28Q9H239 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
MMP28Q9H239 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms