Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USF3Q68DE3 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USF3Q68DE3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
USF3Q68DE3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USF3Q68DE3 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USF3Q68DE3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USF3Q68DE3 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USF3Q68DE3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
USF3Q68DE3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USF3Q68DE3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USF3Q68DE3 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USF3Q68DE3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USF3Q68DE3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USF3Q68DE3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms