Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN1BQ07699 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN1BQ07699 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN1BQ07699 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN1BQ07699 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN1BQ07699 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN1BQ07699 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN1BQ07699 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN1BQ07699 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN1BQ07699 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN1BQ07699 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN1BQ07699 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN1BQ07699 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN1BQ07699 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN1BQ07699 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN1BQ07699 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN1BQ07699 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN1BQ07699 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN1BQ07699 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.4 ms