Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
VCPP55072 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VCPP55072 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VCPP55072 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VCPP55072 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
VCPP55072 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
VCPP55072 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.69■■■□□ 2.34
VCPP55072 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
VCPP55072 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
VCPP55072 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VCPP55072 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
VCPP55072 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
VCPP55072 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
VCPP55072 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VCPP55072 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VCPP55072 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
VCPP55072 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VCPP55072 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VCPP55072 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VCPP55072 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VCPP55072 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
VCPP55072 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
VCPP55072 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VCPP55072 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VCPP55072 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VCPP55072 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VCPP55072 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VCPP55072 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VCPP55072 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
VCPP55072 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
VCPP55072 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
VCPP55072 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VCPP55072 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
VCPP55072 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
VCPP55072 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
VCPP55072 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
VCPP55072 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
VCPP55072 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
VCPP55072 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
VCPP55072 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
VCPP55072 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
VCPP55072 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VCPP55072 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VCPP55072 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
VCPP55072 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
VCPP55072 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VCPP55072 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VCPP55072 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VCPP55072 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VCPP55072 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VCPP55072 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VCPP55072 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VCPP55072 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VCPP55072 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VCPP55072 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VCPP55072 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VCPP55072 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VCPP55072 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VCPP55072 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VCPP55072 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VCPP55072 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VCPP55072 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VCPP55072 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VCPP55072 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VCPP55072 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VCPP55072 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VCPP55072 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
VCPP55072 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VCPP55072 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VCPP55072 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VCPP55072 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VCPP55072 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VCPP55072 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VCPP55072 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VCPP55072 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VCPP55072 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
VCPP55072 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VCPP55072 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
VCPP55072 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
VCPP55072 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
VCPP55072 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VCPP55072 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VCPP55072 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VCPP55072 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VCPP55072 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
VCPP55072 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VCPP55072 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
VCPP55072 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VCPP55072 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
VCPP55072 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.26
VCPP55072 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
VCPP55072 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VCPP55072 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VCPP55072 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VCPP55072 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
VCPP55072 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
VCPP55072 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
VCPP55072 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
VCPP55072 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
VCPP55072 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms