Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC4P09017 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXC4P09017 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXC4P09017 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms