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| FOXF1 | Q12946 | NUBPL-201 | ENST00000281081 | 3049 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.88 | □□□□□ -0.35 | | |
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| FOXF1 | Q12946 | MBD3L2B-201 | ENST00000636986 | 860 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | PRDM16-206 | ENST00000511072 | 4282 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | USP3-204 | ENST00000540797 | 5474 nt | TSL 2 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
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| FOXF1 | Q12946 | PSEN2-201 | ENST00000366782 | 2465 nt | TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | SUOX-201 | ENST00000266971 | 2364 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | SUOX-208 | ENST00000548274 | 2352 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | UNC13A-202 | ENST00000519716 | 9838 nt | APPRIS P2 TSL 5 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | UBE3A-220 | ENST00000630424 | 5075 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | RAD17-207 | ENST00000361732 | 3002 nt | TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | ELN-208 | ENST00000380575 | 3043 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | FHOD3-201 | ENST00000257209 | 4967 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | FOXM1-203 | ENST00000361953 | 3370 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | SERPINF1-201 | ENST00000254722 | 1548 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | C3orf52-202 | ENST00000431717 | 2054 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | LRRFIP1-202 | ENST00000289175 | 3709 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | NLRX1-201 | ENST00000292199 | 3744 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | BARX1-AS1-201 | ENST00000453045 | 1445 nt | TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | WASHC2A-203 | ENST00000351071 | 4642 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| FOXF1 | Q12946 | CFAP157-206 | ENST00000614677 | 1796 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |