Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 OGFR-AS1-201ENST00000431361 668 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AL022334.2-201ENST00000610000 484 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC090502.4-201ENST00000551714 1386 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CFAP46-202ENST00000368586 8278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 IGLJ3-201ENST00000390324 176 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 IRF3-225ENST00000600022 882 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AC104333.4-201ENST00000632866 554 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
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USP39Q53GS9 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NCBP2-206ENST00000447325 2216 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PCDHA11-201ENST00000398640 6115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 HLA-DQB1-202ENST00000399079 1501 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 NCK1-AS1-203ENST00000474250 827 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
USP39Q53GS9 APOPT1-209ENST00000492189 513 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
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