Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP3Q9Y6I4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms