Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 KRT18P8-201ENST00000581937 1246 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 SNX12-202ENST00000374274 2376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 MYO16-203ENST00000357550 6779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RTFDC1-201ENST00000023939 1745 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 YWHAQ-201ENST00000238081 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CCNC-210ENST00000520429 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TBC1D8-AS1-201ENST00000610202 2478 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LRCH3-203ENST00000425562 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 BCL2-201ENST00000333681 3209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TMUB2-215ENST00000592825 2151 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NCOA7-203ENST00000392477 6457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 B4GALT3-202ENST00000367998 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SATB2-201ENST00000260926 5318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NAA15-201ENST00000296543 6222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 INO80-202ENST00000401393 5991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CCDC117-201ENST00000249064 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GALNT4-201ENST00000529983 5399 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FAM224A-201ENST00000419557 2031 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ARAP1-202ENST00000359373 5767 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 EPRS-201ENST00000366923 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CDH16-204ENST00000565796 2694 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AMER2-201ENST00000357816 10055 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 C12orf73-201ENST00000378090 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS5-201ENST00000284987 9056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CPT1A-202ENST00000376618 2635 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NAP1L2-201ENST00000373517 2550 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PCDHA11-202ENST00000616325 3418 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF2-201ENST00000313667 2958 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NSD2-204ENST00000382891 7534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 VENTXP1-201ENST00000569334 2716 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 NF1-204ENST00000431387 2889 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 HIPK3-202ENST00000379016 7345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 CICP1-201ENST00000416803 2410 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SF3A1-201ENST00000215793 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 THAP2-201ENST00000308086 5719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF274-210ENST00000610905 2559 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 FUT8-203ENST00000360689 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ADCYAP1R1-201ENST00000304166 6487 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AP001999.1-201ENST00000513405 3684 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 SECISBP2-202ENST00000375807 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PDHA1-212ENST00000540249 3277 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 PDE2A-203ENST00000418754 2855 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC112Q8NEF3 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms