Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RPL13AP3-202ENST00000494676 1473 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC007952.5-201ENST00000572818 1486 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 COG5-202ENST00000347053 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FUNDC2P2-201ENST00000331369 1223 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TMEM200C-202ENST00000581347 10638 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC103592.1-201ENST00000394513 664 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LINC00313-205ENST00000427188 967 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RGMA-204ENST00000543599 3174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 KRT8P19-201ENST00000551916 1455 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHMP4AQ9BY43 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms