Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 LRP10-203ENST00000546834 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 AC005912.2-201ENST00000619492 2400 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
USP39Q53GS9 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RPL19-207ENST00000582193 792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TNIK-204ENST00000436636 6970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMEM189-202ENST00000371652 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OTOF-202ENST00000338581 4954 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
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USP39Q53GS9 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC130709.1-201ENST00000484779 1212 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HIST1H3C-201ENST00000612966 411 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RAB11FIP1-201ENST00000287263 6253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OPA1-202ENST00000361510 6492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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